1901 kamen nach der Aufhebung durch die Säkularisation wieder Benediktiner nach Franken. Mönche der Kongregation der Missionsbenediktiner von St. Ottilien errichteten ein Kloster mit Schule im ehemaligen Ludwigsbad bei Volkach. 1913 siedelten sie in das aufgehobene Kloster Münsterschwarzach um. Während der NS-Zeit wurde das Kloster von 1940 bis 1945 geschlossen. In den frühen 1950er Jahren unterhielt die Abtei Münsterschwarzach Schulbetrieb an drei Orten: Dem heutigen Egbert-Gymnasium, dem Seminar St. Ludwig und St. Benedikt in Würzburg. Zu dieser Zeit wurden dort ausschließlich Jungen von Patres der Abtei Münsterschwarzach in den Jahrgangsstufen 5 bis 9 unterrichtet. Sie lebten zu dieser Zeit im dortigen Internat. Später, 1966, kam noch Seminar und Internat im Priorat Damme hinzu.
Erste Schülerinnen finden sich in den Verzeichnissen der frühen 1970er Jahre. Zur gleichen Zeit wurde auch eine Oberstufe der 10. Klasse eingeführt. Etwa zehn Jahre später, 1981, erfolgte die Erweiterung als Vollgymnasium mit den Jahrgangsstufen 11 bis 13. 1984 wurde der erste Abiturjahrgang entlassen.
Die ersten schwerwiegenden Veränderungen mussten bereits 1982 beschlossen werden: Das Internat in Damme erwies sich aufgrund des immer größer werdenden Schülerrückgangs als nicht mehr lebensfähig. Knapp 20 Jahre später, 1999, nachdem dort auch lediglich 22 Schüler im Internat lebten, folgte die Schließung in Münsterschwarzach. Aus dem ehemaligen Internat wurde ein Tagesheim mit Ganztagesbetreuung, das bis heute fortbesteht.
Über die Jahre wurden auch die Seminare St. Ludwig und St. Benedikt in Würzburg geschlossen. Das Egbert-Gymnasium in Münsterschwarzach wurde stetig erneuert - baulich und anhand von Schulkonzepten. Derzeit wird es umfassend generalsaniert, der erste Bauabschnitt ist bereits fertiggestellt.